通过对合同专用章和公司专用章(简称公司章，也就是公章)对比，我们发现二者之间的区别主要在五个方面。首先，二者在使用范围上面不同。其次，具体持有章的人不一样。接着，管理两种章的部门不同。第四，两个章的权力和确认不一样。最后，对两个章的刻制也存在差异。
一、使用范围不同
1、公章适用范围广泛，涵盖合同章
2、合同章只能在合同上有用，不能办其他事
二、执章人不同
1、一般公章由公司的法定代表人执掌，法定代表人如果把法定代表人章与公章一同使用就代表公司行为
2、合同专用章可由法人执掌，也可由专门的合同人员负责保管
三、管理部门不同
1、公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门
2、公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征，在现行的立法和司法实践中，审查是否盖有法人公章成为判断民事活动是否成立和生效的重要标准
四、权力和确认力不同
1、公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征。凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料均可使用公章
2、合同章是单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务，公章可以代替合同专用章使用
五、刻制不同
1、公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同，根据刻制印章的种类不同，手续也不一样
2、合同专用章由公司名称:xxxx有限公司 合同专用章几个字组成，合同专用章专门用于签订经济合同，合同专用章有圆形和椭圆形两种。
我们发现，有的公司既有公司章，同时也有合同专用章。而大部分的公司却只有公司章，其实公司章一般是指公章，在处理对内对外事务的时候，加盖了公司公章的文件是具有法律效力的，而在一些场合下，要求只能加盖公司公章，而不能用合同专用章，这点要注意。