目前小产权房的清理方式是进行拆迁或者是纳入廉租房、公租房或者是经济适用房等范围，对于明显的违规违法建设或者是不再适合居住的小产权房，必须进行拆迁，但是政府在拆迁过后，必须对于房屋的所有权人进行拆迁安置或者是补偿相应额安置补偿费。
一、目前小产权房怎么清理?
清理可能采取的主要办法，就是把部分符合一定条件的存量小产权房，通过补办相关手续，缴纳相应的税费之后，纳入廉租房、公租房、经济适用房、限价商品房等保障房系列内;而对一些严重违反城市规划和土地利用规划，
非法占用耕地和基本农田的，建筑设计施工质量存在严重问题的“小产权房”，则采取改建或者拆除的强制办法。
二、小产权房和大产权房怎么区分?
国家发产权证的叫“大产权房”，国家不发产权证的叫“小产权房”。大、小产权房的争议不在房屋所有权，而是土地使用权。对小产权的解释主要有3种：
1、是针对发展商的产权而言，将发展商的产权叫大产权，购房人的产权叫小产权，这种叫法是因为购房人的产权是由发展商一个产权分割来的。
2、是按房屋再转让时是否需要缴纳土地出让金来区分的，不用再缴土地出让金的叫大产权，要补缴土地出让金的叫小产权。按这种解释普通商品房就是大产权房，经济适用房就是小产权房。
3、是按产权证的发证机关来区分的，国家发产权证的叫大产权，国家不发产权证的，由乡镇政府发证书的叫小产权，又被称为乡产权，乡产权并不构成真正法律意义上的产权。
前两个解释的小产权是合法的，只要交足购房款，或转让时补缴土地出让金即可自由买卖，其法律规定较为明确。而第三个解释的小产权的法律属性存在较大争议，拿不到真正法律意义上的产权证。
三、小产权房产生原因是什么?
1、城市房价过高：中国许多大中城市的高房价是催生小产权房的重要原因之一。由于中国经济社会发展不平衡，若干大城市的房价长期快速上涨，远远超出了当时当地一般就业人员的收入水平。与此同时，政府经济适用房、廉租房的建设无法满足这些住房需求。小产权房存在着大量现实的购买群。
2、擦边球的空间：根据法律规定，在农村集体所有的宅基地和集体建设用地上，农民可以自行经营，而且农民自建的住房也是可以进行交易的。 正是因为政策法律规定中存在很多模糊不清的地方，才导致了各地小产权房建设的泛滥，在合法与非法之间给小产权房留下了一个擦边球的空间。
3、农地制度不合理：小产权房是农民集体自发在其集体所有的集体建设用地和宅基地上建设的房产，不需要缴纳类似开发商为获取土地交给政府的土地使用权出让金;由村集体牵头开发，省去了基础设施配套费等市政建设费用及成本费。在这一开发过程中，农民集体通过出售小产权房获得的收益高于政府征收土地的补偿金额。
房管局一般不对小产权房的房屋使用人进行颁发产权证，所以使用人一般是不享有房屋的所有权的，这就意味着小产权房屋是不能进行房屋买卖和产权转移的，如果行为人之间签订小产权房屋买卖合同的，人民法院会认为该合同是无效的，所以转让行为也是无效。