就当前的规定来看，员工旷工也就是没有按照单位规定提前请假而擅自不按时上下班，这虽然是很不好的行为，也会造成比较恶劣的影响，但是却没有规定单位就可以以此扣旷工员工的工资，在没有造成单位损失的情况下，可以不支付旷工期间的工资。因此要是单位因为旷工扣工资的话，一般来说是不合法的。
一、员工旷工扣工资合法吗
劳动法没有旷工一天扣多少工资的，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、单位能否认定员工自动离职
《劳动合同法》没有自离规定，《劳动法》第25条、《劳动合同法》第39条、第40条规定用人单位可单方解除劳动合同。
第三十九条规定：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的
就是员工的行为如果符合此条第二款规定，单位就可以严重违反单位规章制度为由单方解除劳动合同，给员工解除劳动合同通知，如果只是口头说员工怎么怎么样就算自离，一直没有通知解除劳动合同，劳动合同就是有效的。
三、单位能否因旷工除名员工
因旷工被除名的法律依据是：《企业职工奖惩条例》(国发[1982]59号)的规定，由用人单位提出与无正当理由旷工的职工终止劳动关系的一种处理方式。除名的条件是：1、职工经常旷工没有正当理由;2、经批评教育无效;3、达到规定的旷工天数，即连续旷工时间超过15天，或者1年以内累计旷工时间超过30天。
但是注意此规章已经于2008年1月15日，被国务院第516号令明文废止。如企业现行规章制度中仍规定“除名”或“开除”等相关条款，显然缺乏法律依据。
因为员工旷工而扣其工资，若是不支付其当天的工资，此时不属于扣工资，因为本身员工当天就没有上班，单位自然是可以不予支付当天的工资。但要是在此之外还要扣工资的话，自然就是不合法的。不过如果旷工行为给单位造成了经济损失，此时单位可以要求员工赔偿，那么实际操作的时候就可以在其工资中扣除应当赔偿的部分。