在二手房交易中，购房人和房屋的出卖人在签订合同时，由于不太了解房屋买卖合同或者不太注意，导致合同出现瑕疵。进而给房屋买卖合同的双方当事人造成不必要的麻烦或者纠纷。那二手房买卖合同有瑕疵如何处理呢？
一、二手房买卖合同有瑕疵如何处理
二手房买卖合同出现瑕疵要根据不同的瑕疵来决定解决方式，具体为：
(一)格式合同中对违约金标准约定过高。定金罚则和违约金条款通常并存于格式合同中，且违约金约定为转让成交价的20%，按照该比例若违约少则要承担十几万的违约金、多则数百万，远高于适用定金罚则获得的赔偿，导致双方因守约方主张适用违约金条款而产生较大分歧。判决违约方承担巨额的违约金明显有失公平，违约方会主张违约金过高要求调整，法院在判决中通常会予以调整，导致守约方往往以合同系双方真实意思表示为由提起上诉。对此，建议买卖双方及居间方的权利义务予以明确约定;降低违约金标准，将违约金定为转让成交价的5%-10%，既可防止合同当事人随意违约，也可防止违约金条款成为中介方串通合同一方非法获利的工具;
(二)未约定无法申请到预期贷款导致合同无法履行时的责任承担。受国家调整房贷政策影响，买方未能申请到预期贷款，遂以情势变更为由诉请解除合同，要求卖方返还定金;卖方则认为此属于商业风险，要求买方承担违约责任。房产中介未根据政策调整及时修改、增补合同条款，对此情形未作约定，导致双方产生纠纷。对因国家房贷政策的调整而导致的买方无法申请到预期贷款的情形下是否解除合同作出明确的约定。
(三)合同中未约定居间方的权利义务。
有的格式合同中未载明居间方名称，也没有居间方签章，但又明确约定卖方应将定金托管于第三方(居间方)处;即使载明了中介的名称，对其权利义务也未作任何约定。买卖双方一旦基于中介方的行为发生纠纷，难以追究中介方的责任。对此，买、卖及中介三方必须签订居间合同，加强对房产中介的监管，明确其负有对合同主要条款释明的义务，并就重要及特殊约定事项作出特别提示，约束和规范房产中介的行为。
二、如何处理购房合同瑕疵
要根据合同条款中不同的瑕疵来决定处理方式，具体为：
瑕疵一：有的条款没意义
乙方在付给甲方定金(币种 )(大写) 元，(小写) 元。 上述定金：在乙方最后一次付款时充抵房款在时由甲方退还乙方。 在实际操作中，买房人支付的定金多在支付房子首付款时扣除或充抵，这个条款中“最后一次付款”没有实际意义，建议将这一款分成“在房子首付款和房款尾款支付时”两种情况，让二手房买卖双方选择时更加清楚;而双方约定具体时间由甲方退还乙方的条款，在实际中也很不合理，因为买卖双方大多选择充抵房款。
瑕疵二：户口迁不出责任难认定
甲方应将其落户于该房屋的户籍关系迁出。 在操作中，一般会选择“在房屋产权过户前”迁户口，但是契约没有对迁不出户口、户口迁出延期作出提示性条款，也没有对卖房人迁不出户籍关系作出违约责任的提示，常常造成买卖双方的纠纷，并且这种纠纷还不是卖房人赔钱就能解决的。
瑕疵三：具体税费表述不清晰
除本条第二款已有约定外，办理以上手续应当缴纳的税费，由：甲、乙双方按国家规定各自承担 ，甲方承担或乙方承担。 这一条款产生的争议最大，因为税费直接牵涉到卖房人是否将其加入到房价的问题。卖房人需要承担二手房买卖中的营业税、个人所得税，买房人需要承担办理房产证的契税，正由于税费有好多种，契约仅仅规定了三种可选：要么甲、要么乙、要么双方各自承担。而恰恰卖房人会把个税或营业税转移给买房人，如果说按照国家规定，后面的甲方承担和乙方承担完全就不应在条款中体现，要体现的话，应该具体到什么税。
瑕疵四：房屋损毁问题有漏洞
该房屋毁损、灭失的风险自：房屋正式交付之日 ，权利转移之日起转移给乙方。通常理解的房屋正式交付，应该是房产交易全部结束，包括房款结清和产权变更。而在实际中，会出现卖房人在还没有收齐全部房款、产权还没有转移时(一般是为了等到满5年后再交易，为避交房价5.5%的营业税)，就已经把房子给买房人使用了，这时出现房屋灭失的话，因为产权还未变更，又容易引起纠纷。建议增加“先过户后交房”、“先交房后过户”的选项，保障买卖双方利益。
瑕疵五：契约没有标注用途
本契约一式 份。其中甲方留执 份，乙方留执 份，为申请房屋所有权转移登记提交房屋权属登记机关一份。契约一式几份其实很重要，在实际签约中，常常是“一式五份，甲方一份、乙方三份，产权权属登记一份”。乙方作为买房人，如果是一次性付款的，可以留两份，一份备存、一份交契税用;而留三份的，主要是为了按揭贷款时用一份。很多买房人不知道留这么多份干嘛用，在条款中应该对每份的用途作出说明，让买房人明白消费。